作者使用牛津纳米孔技术公司的MinION设备在家自行测序了五次自己的基因组，过程包括采集口腔拭子、样本制备、测序及数据分析。虽然成本仍较高，但技术正快速下降，未来有望像手机或AI一样普及，实时解读DNA和RNA表达。

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在家自行测序DNA：一份完整指南

作者使用牛津纳米孔技术公司的MinION测序仪，已成功对自己的基因组进行了5次测序。整个过程包括：从口腔拭子中收集细胞、制备样本、上机测序，最后进行数据分析。

关于测序的意义与局限

基因组本身只是一个参考层。获得数据后，可以通过VEP、ClinVar、gnomAD、PharmGKB等工具进行分析，了解自己携带的基因变异、受影响的基因和通路、对不同药物的代谢能力，以及需要重视的罕见变异。但需明确，目前这些信息尚未达到临床诊断级别，更不能仅凭AI建议就用CRISPR技术编辑自身基因。其近期价值在于将静态的基因组转化为可查询的信息。

所需硬件与软件

• 核心硬件：Oxford Nanopore MinION测序仪、一台性能尚可的笔记本电脑或工作站（用于运行测序软件）、100GB以上存储空间、用于碱基识别的GPU、涡旋混合器、加热模块、离心机。
• 主要耗材：连接测序试剂盒、流动槽清洗试剂盒、PBS缓冲液、口腔拭子。
• 关键试剂：DNA提取试剂盒、文库制备试剂（包括修复/末端修复试剂和连接酶）、AMPure XP磁珠、80%乙醇、无核酸酶水、用于DNA定量的Qubit试剂。
• 软件栈：MinKNOW（测序控制软件）、Dorado（碱基识别）、minimap2（序列比对）、samtools、mosdepth、Clair3（变异检测）、以及VEP、ClinVar等注释工具。

端到端测序流程

1. 样本采集：用口腔拭子用力刮取脸颊内侧细胞，放入PBS缓冲液中。
2. 细胞裂解与DNA提取：离心收集细胞，使用试剂盒中的裂解液处理，将DNA结合到特制的捕获磁珠上，经过洗涤后，用洗脱液将纯化的基因组DNA洗脱下来。
3. DNA定量：使用Qubit荧光计测量DNA浓度，理想目标是获得约1000纳克的DNA用于后续文库制备。
4. DNA修复与末端修复：对DNA进行修复和末端准备，以便后续连接测序接头。此步骤后需用AMPure磁珠进行纯化。
5. 接头连接：将牛津纳米孔技术的测序接头连接到处理好的DNA片段上。此步骤后需用长片段缓冲液（LFB）进行特殊纯化，以去除游离接头和短片段。
6. 流动槽准备与上样：
   • 检查流动槽的活性孔数量（>1200为佳）。
   • 配制引物混合液，通过引物端口对流动槽进行两次引物处理。
   • 将最终文库与测序缓冲液、文库磁珠混合，制成上样混合液。
   • 通过SpotON样品端口，将上样混合液逐滴加入流动槽。
7. 测序：在MinKNOW软件中设置好参数（如流动槽类型、试剂盒型号、开启碱基识别），启动测序运行。
8. 数据分析：测序完成后，使用Dorado进行碱基识别，用minimap2将序列比对到人类参考基因组（GRCh38），再用Clair3进行变异检测，最后用VEP等工具对变异进行注释。

重要提示

• 整个流程成本高昂，对普通人来说仍难以承受，但成本正在指数级下降。
• 对于初次尝试，即使DNA投入量远低于推荐值，也可以作为一次端到端的练习。
• 所有操作需佩戴手套，在洁净台面上进行，并注意保持DNA的完整性（避免涡旋剧烈震荡）。
• 最终获得的变异信息应视为技术验证，而非医疗级诊断结果。

根据评论内容，主要观点和论据如下：

1. 对技术实用性的关注（评分：None） - 评论1：希望看到更多关于实际结果和传感器可用性的讨论。"I wish this had some discussion of the results... I'd like to know how usable the real world output can be." - 评论2：质疑实验的准确性，询问重复实验的差异。"What is the accuracy in this? Aka if I run the experiment 10 times how many differences will i get?"

2. 对AI辅助阅读方式的争议（评分：None） - 评论4：强烈反对"本文供AI阅读"的表述。"Fuck this" - 评论7：对这种"复制URL让ChatGPT解读"的方式感到困惑。"What kind of magic is going on here, am I missing something?"

3. 对技术前景的积极评价（评分：None） - 评论5：赞赏"立即行动"的未来导向。"I am very impressed with the, why wait? just do it now approach to the future." - 评论6：惊叹于手掌大小设备的能力，联想到CRISPR和电影《千钧一发》。"This is so cool... The fact that we have this in a palm sized object is just crazy."

4. 隐私与实用场景（评分：None） - 评论8：担心发现自身不良信息。"I'm too afraid I would learn something awful about myself." - 评论9：提出实际应用场景——检测下水道植物根系。"$100 to stave off that $10000 sewer replacement for a few years would be worth it to a lot of people" - 评论12：关注隐私保护，希望分析工具开源或本地运行。"I like the privacy conscious aspects... how many of those referenced analysis tools are entirely open source or at least run locally?"

5. 其他观点（评分：None） - 评论3：提供更便宜的测序服务链接（$599）。 - 评论10：指出23andMe等公司主要满足基因溯源好奇心。 - 评论11：联想到失败的"发光植物项目"，表达失望。